Перекодировать файлы в текущем каталоге

# рекурсивно, все файлы
find -type f -exec enconv "{}" \;


# рекурсивно, выбрать по суффиксу (расширению)
find -type f \( -name '*.js' -o -name '*.php' \) -exec enconv "{}" \;


# только текущий каталог (не спускаться ниже), все файлы
find -type f -maxdepth 1 -exec enconv "{}" \;

Необходим пакет enca.

Информация с сайта http://blog.angel2s2.ru/.